1. Synopsis universalis generum plantorum, 1793
2. Dispositi generum plantorum Jenensum
3. Anweisung zur Kenntnis der Geschichte der Pflanzen und Gewächse
4. Umriss der gesamten Naturgeschichte
5. Elenchus fungorum, 1783-1789
6. Naturgeschichte der Bandwurmgattungen, 1786
7. Versuch einer Anleitung zur Kenntnis und Geschichte der Tiere und Mineralien für medicinische Vorlesungen entworfen und mit den nötigen Abbildungen versehen, 1788
8. Erste Grundzüge der systematischen Chemie, 1789
9. Analyses florum e diversis plantorum generibus omnes etiam minutissimas eorum externas partes demonstrantes (Analysen der Blumen aus den verschiedenen Arten der Pflanzen, die alle, auch kleinsten äußeren Teile von ihnen zeigen).

10. Versuch einer Arzneimittellehre nach den Verwandtschaften der wirkenden Bestandteile, 1790
11. Botanische Unterhaltungen für Naturfreunde zur eigenen Belehrung über die Verhältnisse der Pflanzenbildung, 1793
12. Disposito generum plantarum Europae synoptium secundum systema sexuale emendiatum exarata, 1794
13. Botanik für Frauenzimmer, 1795
14. Mineralogie für Vorlesungen und für Anfangssammler von Mineralien, 1796
15. Kurze Erklärung derjenigen Naturalien des Herzoglichen Kabinetts zu Jena, welche bei den naturhistorischen Vorlesungen des Professors Batsch in besonderen Stunden vorgezeigt wurden, 1796
16. Übersicht der Kennzeichen zur Bestimmung der Mineralien und kurze Darstellung der Geologie für Vorlesungen, 1796
17. Der geöffnete Blumengarten, teils nach dem englischen von Curtis Botanical Magazine neu bearbeitet, teils mit neuen Originalen bereichert und zur Erläuterung der Frauenzimmer-Botanik für Pflanzenliebhaber, welche keine Gelehrten sind, herausgegeben, 1798
18. Lilien der Deutschen Dichtung. Für einsame Spaziergänge zur Stimmung der Geister für Innigkeit, Schönheit, Erhabenheit und Wahrheit. Gesammelt von A.J.G.K. Batsch, 1798
19. Beiträge und Entwurf zur pragmatischen Geschichte der drei Naturreiche nach ihren Verwandtschaften, 1800
20. Taschenbuch für mineralogische Excursionen in der umliegenden Gegend von Jena, 1800
21. Taschenbuch für mineralogische Excursionen in der umliegenden Gegend von Jena, 1802
22. Tabula affinatum regni vegetabilis, quam delineavit et nunc ultenus adumbratium tradit, 1802
23. Grundzüge der Naturgeschichte des Mineralrechts. Ein Handbuch für Lehrer auf Gymnasien und für Naturfreunde zum eigenen Unterricht